Websites maken in R

Met R kun je ook website maken. Maar hoe doe je dat? Emily Zabor schreef hierover een leerzaam blog dat ik hier licht heb bewerkt en aangevuld.

Emily C. Zabor, bewerking Harrie Jonkman www.harriejonkman.nl
2019-06-09

Deze tutorial is van Emily C. Zabor die ik heb bewerkt, vooral ook om te zien of ik mijn eigen website kan maken. Deze tutorial laat je zien hoe je een website maakt met gebruik van R, RMarkdown en GitHub.

Deze tutorial presenteerde zij voor het eerst op R Gebruikers Groep Bijeenkomst op 23 Januari 2018 op het Memorial Sloan Kettering Cancer Center Department van Epidemiologie and Biostatistiek.

Deze versie ververste en presenteerde zij op de R Dames NYC Bijeenkomst op 15 Februarie 2018.

Typen websites

De belangrijkste typen websites die je zou willen maken zijn:

  1. Persoonlijke websites
  2. Websites om een pakket te presenteren
  3. Project websites
  4. Blogs

De basis van R Markdown website

Wat jij minimaal nodig hebt voor een R Markdown website zijn:

Een basis voorbeeld voor een _site.yml voor een website met twee pagina’s kan er zo uitzien:

And a basic index.Rmd to create the Home page:

Hier vind je een overzicht van de basis van R Markdown website hier.

GitHub

Deze tutorial left de nadruk op het hosten van websites via GitHub. Hosten van websites via GitHub is gratis.

Als je nog geen GitHub account hebt, teken dan op via https://github.com/join?source=header-home met username YOUR_GH_NAME. Ik zal naar deze username, YOUR_GH_NAME, als “jouw GitHub username” refereren in deze hele tutorial.

Er zijn andere mogelijkheden om jouw website gratis te hosten. Een ander populaire keuze is Netlify.

Persoonlijke websites

Een voorbeeld van een homepage van Emily Zobore’s website is:

Er zijn twee belangrijke stappen om een persoonlijke website te maken die op GitHub wordt gehost:

  1. GitHub setup
  2. Lokale setup

GitHub setup

  1. Creëer een GitHub repository (“repo”) genaamd YOUR_GH_NAME.github.io, waar YOUR_GH_NAME jouw GitHub username is.
  2. Initialiseer het met een README
    • Voor hen die met GitHub weinig ervaring hebben: dit kan het proces van klonen van repository en daarmee het afstemmen met de ‘master branch’ vergemakkelijken.

Lokale setup

  1. Kloon deze remote repository op een locale directory met dezelfde naam, YOUR_GH_NAME.github.io
  2. Voeg een R Project toe aan deze directory
  3. Maak een _site.yml en een index.Rmd file in jouw nieuwe directory

Waarom heb ik een R Project nodig?

Het R Project is gemakkelijk omdat RStudio jouw project als een website zal herkennen en zorgt voor de goede gereedschappen die je nodig hebt.

Opgelet: Nadat je een R Project met de goede files hebt gemaakt, kan het zijn dat je het project moet sluiten en heropenen voordat R het herkent als een website en de goede gereedschappen toont.

Creëer inhoud

Pas de _site.yml file aan door de metadata te veranderen en het thema van jouw website. Kijk maar eens naar de Jekyll thema’s hier en speel wat met de verschillende opties. Thema’s zijn makkelijk te veranderen, zelfs nadat je de inhoud hebt toegevoegd.

Bijvoorbeeld de _site.yml voor de persoonlijke website van Emily ziet er zo uit:

Pas aan en creëer .Rmd files met de inhoud van jouw website, die er html-pagina’s voor jouw website van maken als jij ze ‘knit’.

De index.Rmd file voor de homepage van Emily’s persoonlijke website ziet er zo uit:

Als je een keer de inhoud hebt geschreven en de lay-out hebt opgezet, zoek dan de Build tab in RStudio op en selecteer “Build Website”:

Nu heeft jouw local directory alle files die nodig zijn om jouw website te maken:

De website uitzetten

Basis benadering:

Geavanceerde benadering (aangeraden):

Aangepaste domeinen

Het standaardadres om jouw wite te hosten is http://YOUR_GH_NAME.github.io, maar je kunt jouw domeinnaam ook aanpassen. Dan zijn er twee stappen te zetten:

  1. In jouw GitHub repository YOUR_GH_NAME.github.io, ga je naar Settings > GitHub pages. Typ jouw domeinnaam in de box onder Custom domain en sla het op (Save).